今天分享一个鉴定耐药基因转移的方法学文章（当然笔者其他基因也可以如此分析）。附上文献地址《Forecasting the dissemination of antibiotic resistance genes across bacterial genomes》

如下图所示，作者首先依据16s rRNA序列将全部的基因组进行聚类，分为不同的cluster，然后假定同一个cluster中的菌系统发育是相同的（圈内的元素代表不同的基因组）。

对于感兴趣的耐药基因 A 来说：

对两个菌耐药基因 A的序列和16s rRNA的序列进行双序列比对，并且按照下式进行距离的计算：

按照上述方法，我们可以计算任意两个cluster之间耐药基因 A和16s rRNA的平均遗传距离，如果耐药基因 A的平均遗传距离小于16s rRNA的平均遗传距离，那么代表耐药基因要比16s rRNA更保守，因此这个耐药基因 A 是水平转移而来的（一般认为16s rRNA是最保守的片段，没有任何基因元件比它更保守）；反之，这个耐药基因 A 存在于原始基因组上